Esses dias me deparei com uns problemas com a barra de ligação (beam) das notas no lilypond. Elas são colocadas automaticamente pelo lilypond a menos que você configure isso. Foi  aí que eu descobri os comandos pré-definidos  autoBeamOn e autoBeamOff.

Fiz um exemplo para mostrar como funciona. Clique aqui ou nas imagens abaixo para baixar o arquivo .ly que editei:

O resultado está na figura abaixo: